La edificación de la Unidad Educativa “Mariano Baptista” se encuentra a sólo 2 kilómetros de la frontera con la República Federativa del Brasil. Está ubicada en el casco viejo de la ciudad de Cobija, más propiamente en la Calle Rodolfo Siles R., Nº 041 Entre las Avenidas Fernández Molina y 9 de Febrero, zona central lado de la Dirección Distrital y Dirección Departamental de Educación Pando.
